Pour que les atrocités commises à Breendonk ne tombent jamais dans l’oubli, le Mémorial organise chaque année la commémoration de la fin de l'occupation nazie au Fort de Breendonk, en collaboration avec la Confédération nationale des prisonniers politiques et ayants droit de Belgique. La première édition de cette cérémonie, organisée sous la dénomination de "Pèlerinage", a eu lieu le 24 septembre 1944. Elle réunissait les anciens prisonniers et des personnalités, qui ont rendu hommage à tous les prisonniers politiques et raciaux de la Seconde Guerre mondiale.
Depuis 2020, cette cérémonie est organisée tous les 3 ans par le War Heritage Institute. Les autres années, un hommage est rendu à l'Enclos des fusillés, à Bruxelles, et au Monument à la Résistance, à Liège. Le prochain pèlerinage aura lieu le 20 septembre 2023.
Aujourd'hui encore, le flambeau de la mémoire est rallumé en présence du ministre de la Défense, qui est également le ministre de tutelle du Mémorial, de représentants de différents gouvernements et des autorités militaires. En 2019, le Roi Philippe assisté à la cérémonie. Après le passage en revue des troupes de l'Ecole royale militaire, la flamme du souvenir a été allumée et un hommage musical a été rendu par les Chœurs d’enfants et de jeunes de la Monnaie et la Musique royale des Guides. En déposant tour à tour des gerbes, les autorités, les cercles d'amis des camps, les associations patriotiques et les 301 jeunes présents, symbolisant les prisonniers morts de privations, fusillés ou pendus, ont voulu souligner qu’il est impossible d’oublier la barbarie et les souffrances inhumaines qui furent monnaie courante à Breendonk et qu’il est de notre devoir d’éviter qu’aujourd’hui, des crimes de guerre ou des violations des droits de l’homme soient encore commis.